Die Kirche von Atempo ist ein aus Holz gebautes Gebäude mit einem Flachdach; eine Glocke, mit der zur Messe und im Brandfall geläutet wird, steht für jeden zugänglich direkt vor dem Gebäude. Über der nie verschlossenen, breiten Eingangstür hängt ein Petruskreuz - immerhin ist Petrus auch Schutzheiliger der Fischer.
Im Innern wirkt die Kirche eher schummrig und stickig, da die Fenster weder besonders breit noch besonders zahlreich sind. Der Steinfußboden ist immer sauber gefegt, Bänke und Stühle bieten Platz für rund 30 Personen; die übrigen Messebesucher stehen oder setzen sich auf den Boden. Herzstück ist der Altar, der an genau jener Stelle errichtet wurde, an dem das erste Kreuz von Atempo errichtet wurde. Zu Padre Estebans 'Kummer' hat er keine Kanzel; er predigt von einem Stehpult aus, das wie der Altar erhöht errichtet wurde. Ein geschnitztes Taufbecken und ein ebenfalls mit Schnitzereien verzierter Beichtstuhl stehen hinter einem handgewebtem Vorhang, auf den der Kreuzweg gestickt wurde. An der Rückwand hinter dem Altar hängt ein großes Kruzifix.
Da die Wohngebäude des Priesters und seiner Haushälterin direkt neben der Kirche errichtet wurden, hat die Kirche keine Sakristei oder weitere Räume, sondern nur den Altarraum.